Nông dân xác định tất cả các hoạt động canh tác có ảnh hưởng đến môi trường và xác định các nguồn gây ô nhiễm như: Bao bì phân bón, bao bì thuốc trừ sâu, rác thải sinh hoạt,…. Đội ngũ quản lý, lãnh đạo nông dân phải hướng dẫn nông dân thu gom các loại rác thải đến nơi tập kết và xử lý để giảm thiểu nguy cơ gây ô nhiễm môi trường để tránh thải chất thải vào hệ sinh thái thủy sinh và tự nhiên. Không đốt rác thải, trừ lò đốt theo quy định để tránh sự ô nhiễm. Giảm chất thải và thúc đẩy tái sử dụng chất thải, đặc biệt bằng cách chuyển đổi chất thải hữu cơ thành phân hữu cơ cho cây trồng. Nước thải từ quá trình sản xuất/chế biến được xử lý và thử nghiệm đạt tiêu chuẩn yêu cầu về thông số xả thải trước khi thải trực tiếp vào môi trường như: BODs<750mg/l; TSS < 50mg/l; Dầu < 50mg/l; pH=5,5- 9. Nước thải sinh hoạt cần được xử lý đạt tiêu chuẩn trước khi đưa vào sử dụng thải trực tiếp vào đất hoặc sử dụng cho hoạt động tưới tiêu. Các thông số cần đạt được như tuyến trùng đường ruột <1; Coliform ≤1000. Không được sử dụng nước thải, chất thải của con người vào hoạt động sản xuất, chế biến không được thải vào hệ sinh thái thủy sinh để tránh gây ô nhiễm nguồn nước và tác động tiêu cực đến sức khỏe con người và môi trường.